Inventaire et traitement par les outils bioinformatiques des gènes identifiés chez le Coronavirus, exprimé cliniquement par un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA).

Abstract

Le coronavirus exprimé cliniquement par un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA), est un virus qui cause une pandémie mondiale, affectant des millions de personnes et mettant fin à la vie de plus de trois million de personnes à travers le monde. L’objectif de notre travail est d`inventorier les gènes étudiés chez ce virus ainsi que les différentes mutations détectés jusqu'à présent dans plusieurs pays , pour cela nous avons utilisé des outils de bioinformatique afin de réaliser des analyses phylogénétiques pour la construction des arbres et des réseaux phylogénétiques et faire des traitements statistiques des donnés moléculaires disponibles sur la GenBank concernant le COVID 19. Les différents logiciels utilisés sont : MEGA 11 pour la construction des arbres phylogénétiques, DnaSP6 pour l’identification des haplotypes, Network 10 pour avoir les réseaux phylogénétiques, DnBA un nouveau programme que nous avons créé pour réaliser des analyses statistiques, puis DAMBE pour obtenir les résultats moléculaire, statistiques et graphiques. L’étude des séquences d’ADN obtenues de la GenBank, nous a permis de classer 12 gènes différents de SARS Cov 2 déterminé à travers les laboratoires du monde. L’utilisation des différents logiciels en se basant sur la détermination des mutations ainsi que la diversité haplotypique nous a permis de classer ces 12 gènes en trois catégories ; les gènes les plus variables : ORF1ab, ORF3a, N, S ; les gènes les moins variables : ORF8, ORF10, ORF1a, ORF7a, ORF7b et les gènes non variés : ORF6, E, M. Les gènes de la 1ère et la 2ème catégorie exposent des pourcentages A, T, C, et G différents avec un taux de GC bas par rapport à la 3ème catégorie donc ils sont moins conservés , pour cela ils subissent des mutations. En classant les séquences d’ADN des 12 gènes étudiés selon les pays d’origine nous avons trouvé que la Chine est l’origine de toutes les séquences. Les résultats d’analyses phylogénétiques, statistiques et graphiques des différents logiciels utilisés montre qu’il y a une complémentarité entre ces différents outils de bioinformatique.