Génotypage des entérovirus dans les eaux usées avant et pendant la pandémie de Covid 19 dans la région de Koléa

Abstract

Les entérovirus (EV) humains, membres de la famille des Picornaviridae, comprennent plus de 100 génotypes appartenant a 4 espèces : Entérovirus A, B, C et D. Ces virus sont à l’origine de pathologies très variées et occupent une place importante en sante publique. L’objectif de cette étude est la détection des EV par amplification génique (RT-PCR) ciblant la région 5’ non codante, à partir d’échantillons environnementaux d’eaux usées revenues positifs par culture cellulaire et d’en préciser les sérotypes circulants avant et pendant la période marquée par la pandémie de la Covid 19. Nous présentons ici une première partie décrivant la concentration des virus selon les recommandations de l’OMS suivi d’inoculation sur lignées cellulaires ; et une deuxième partie présente le typage moléculaire des échantillons environnementaux d’eaux usées. La totalité des échantillons positifs en culture cellulaires (47), se sont révélés positifs par RT-PCR en temps réel. Un seul prélèvement positif en culture et en RT-PCR en temps réel s’est révélé négatif par RT-PCR classique du fait de la faible charge viral probable Le concentrât de ce prélèvement a été ré-inoculé aux cellules et est revenu finalement positif par PCR classique. La culture a servi de ce fait à l’amplification des virus. Les isolats obtenus ont été identifiés par séquençage ciblant la région VP1 du génome virale. Cette étude démontre clairement que la culture cellulaire et la RT-PCR, sont deux techniques sensibles, fournissant des résultats fiables. La RT-PCR reste beaucoup plus rapide, comparativement à la culture cellulaire et à la RT-PCR classique