L’utilisation des outils de bioinformatique dans la phylogénétique, Modèle : le genre Gazella.

Abstract

Ce mémoire expose l’utilisation des outils de bioinformatique dans les analyses phylogénétique du genre Gazella, tel que la reconstruction de l’arbre phylogénétique, l’identifier des haplotypes, et avoir l’évolution des espèces. Nous avons tout d’abord présenté le genre Gazella, leur morphologie, leur distribution dans le monde et en Algérie en particulier ; nous avons exposé les méthodes de reconstruction phylogénétique pour inférer les phylogénies de genre Gazella. Les analyses phylogénétique obtenues dans ce travail ont été élaborées à l’aide des différents logiciels tel que, MEGA5 pour la reconstruction de l’arbre phylogénétique, DnaSP pour l’identification des haplotypes, Network pour avoir l’évolution des espèce, et DAMBE pour faire des calcule statistique, avec l’utilisation de différentes méthodes comme UPGMA, Kimura- 2 parameters ; ces analyses appliquée sur 66 séquences de cytochrome b et 16 séquences de D-loop de l’ADN mitochondrial de 19 espèces appartiennent au genre Gazella prises dans différentes régions géographiques démontrent la monophylie du genre Gazella. Les méthodes d’analyses phylogénétiques, que ce soit en bifurcation, les haplotypes ou en réseau par les logiciels MEGA, DnaSP, Network ont montré pour le genre Gazella l’existence de deux clades distincts.