Caractérisation phénotypique d'une population tellurique d'agrobactérium

Abstract

L'analyse de quatre échantillons de sol collectés au hasard dans une parcelle qui n'a pas été cultivée pendant cinq années à révélé la présence d'une importante population agro-bactérienne estimée à 3 x 107 agro-bactéries g'. La caractérisation de 72 souches isolées de quatre milieux d'isolement, suggère la prédominance dans ce sol d'agro-bactéries appartenant aux biovars 1 (55,6%) et 2 (44,4%). L'analyse fine des souches d'Agro-bactérium par la comparaison de marqueurs chromosomiques naturels (profils d'ADN digéré, profils de protéines cellulaires et caractères culturaux) a permis de révéler que la population du biovar 2 est homogène (Chr B) mais que la population du biovar 1 est composée de cinq groupes chromosomiques différents (Chr A, C, D, E, et F). Les Chr A, B, Cet D sont représentés à des niveaux similaires à travers les différents sites de prélèvement d'échantillons. Le test de pathogénicité sur cinq espèces de plantes a révélé la présence d'une proportion exceptionnellement élevée de souches tunorigènes (32%). Toutes ces souches tunorigènes appartiennent au biovar 1. L'analyse d'autres caractères plasnidiques (métabolisme opinique et réaction à l'agrocin 84) a révélée une association préférentielle entre le plasmide et la bactérie hôte. En effet, l'échantillon de population tellurique d'Agro-bactérium est composé comme suit: i) 16 souches de Chr À portent un plasmide Ti de type nopaline, ii) huit souches de chr € ont un plasmide Ti de type octopine, iii) quatre souches non pathogènes du biovar 1 (deux des quatre chr D, une Chr E et une Chr F) ont des profils d'utilisation d'opines uniques, et iv) les souches du biovar 2 (Chr B) sont non pathogènes mais utilisent la nopaline. Bien que la sensibilité à l'agrocin 84 soit un trait des plasmides Ti à nopaline, 14 des 16 souches de Chr B se sont révélées être sensibles à cette bactériocine; ce résultat suggère la présence dans ces souches d'un plasmide Ti défectueux.