Etude comparative entre des séquences d’ADN de Coronaviridae chez l’homme et chez d’autres espèces d’animaux

Abstract

Les Coronavirus sont des virus à ARN simple brin sens positif, leur nom est dû à l'apparence d'une couronne solaire. Dans cette étude nous avons réalisé une comparaison par une analyse phylogénétique basée sur des séquences nucléotidiques de différentes souches virales extraites de la GenBank qui ont touchés les animaux ainsi que l’homme. Pour réaliser ce travail, des séquences extraites des trois gènes, gène de l'ARN polymérase ARN-dépendante RdRp, gène de nucléocapside N et gène de pointe Sont été analysées à l'aide du logiciel MEGA 11. Nous avons classé les souches de virus pour ces trois gènes selon les espèces animales qu'ils ont infectées et les régions géographiques dans lesquelles ils ont été retrouvés. Commençant par le gène S dont nous avons travaillé sur 49 séquences nucléotidiques de différentes souches à travers plusieurs pays comme les Pays Bas, le Japon et les Etats-Unis qui touche plusieurs espèces telles que, HCoV 229E, HCoV NL63 infectant l’homme et les chauves-souris ; PRCV et PDCoV infectant le porc. Nous avons trouvé qu’il y a une accumulation des mutations au sein du gène S entre les différentes souches qui peuvent provoquer une transmission du virus de l’animal à l’homme. L’analyse du gène RdRp a été basé sur 35 séquences nucléotidiques de différentes souches virales ; les résultats obtenus prouvent la présence des souches BatCoV infectant les chauves-souris dans Mayotte et Mozambique, RtCoV infectant les rongeurs en Chine, Slovénie, PHEV qui touche le porc en Italie, BCoV touchant les bovins en Slovénie et FRSCV des furets au Pérou. Nous avons traité 36 séquences nucléotidiques du gène N de différentes souches virales telles que SARS-CoV-2 qui touche les chauves-souris, HCoV OC43 infectant l’homme, PEDV et PDCoV qui infecte le porc, ces derniers se partagent entre plusieurs pays comme la Chine, l’Allemagne, la Belgique, la France et la Corée du sud. Sachant que le Coronavirus est considéré comme l'un des plus anciens virus, où il n’est pas surprenant que les mutations de ces gènes conduisent à l'apparition des différentes souches de virus affectant différentes espèces dans des zones géographiques variables. Dans les résultats de notre étude ; nous a démontré que la diversité génétique entre les souches de ce virus est très élevée que ce soit pour les souches qui infectent les animaux ou celles qui infectent l’homme dans différents pays du monde