Epidémiologie de la maladie du feu bactérien des méloïdés causée par Erwinia Amylovora (BURILL)

Abstract

L’objectif principal de cette thèse est de contribuer à faire progresser les connaissances sur le feu bactérien et son agent causal Erwinia amylovora. Des échantillons de poirier var. Santa Maria présentant des symptômes typiques du feu bactérien ont été collectés sur une période de trois années de la Mitidja, considérée comme la principale zone de production de poires du Nord de l'Algérie. Un total de 37 isolats Erwinia-amylovora-like a été identifié par une série de tests biochimiques, de pathogénicité et sérologiques. L’analyse moléculaire des souches confirme leur appartenance à l’espèce E. amylovora, la présence de régions géniques de pathogénicité à la fois sur le plasmide et sur le chromosome et la prévalence du plasmide pathogène pEA 29, le plus abondant dans la nature. L’analyse génomique de la diversité des souches algériennes d'E. amylovora isolées, a révélé 3 groupes avec des fragments identiques par BOX-PCR et 4 groupes par ERIC-PCR, montrant ainsi différents modèles génétiques entre les souches algériennes d'E. amylovora. Le typage moléculaire des souches algériennes en utilisant six VNTR et l’analyse MST révèlent la présence d’une diversité avec 4 haplotypes avec une variabilité allélique des 6 loci VNTR chez la population étudiée. L'analyse n'a pas créé de groupes distincts sur la base de l'année d'isolement. Un seul haplotype distinct a été trouvé à Attatba lorsque l'analyse est effectuée en tenant compte de l'origine géographique des souches. Les résultats de l’étude épidémiologique des chancres ont montré une incidence et sévérité importantes du feu bactérien dans les vergers de 3 wilayas : Blida, Bouira et Boumerdés. Cette analyse fait état d’une situation phytosanitaire évoluant vers le dépérissement et un statut de vergers maitrisables par un entretien et surveillance réguliers des poiriers dans les vergers atteints. L'efficacité de vingt antagonistes bactériens a été évaluée in vitro contre deux souches pathogènes d'E. amylovora. Quatre antagonistes (Bacillus amyloliquefaciens PF3, Bacillus methylotrophicus EHF5 et deux Pseudomonas brassicaceaurum CR2 et PS1), ont été sélectionnés pour effectuer le test de biocontrôle sur des poires immatures. Les résultats ont montré que les deux souches de Pseudomonas étaient les plus efficaces pour le traitement préventif, conduisant à une réduction de la nécrose allant jusqu'à 90%. Aucun effet curatif des quatre souches n'a été observé. Ces antagonistes ont été étudiés pour des caractéristiques liées à l'activité de lutte biologique. Ils montrent une production de sidérophores et de biofilms et tolèrent différents paramètres de stress abiotiques de l’environnement avec des températures de croissance comprises entre 30 et 42°C, une halotolérance de 0,3M - 1M, une osmolarité de 20% - 40% et un pH compris entre 4 et 10.