Caractérisation phénotypique et génotypique de la race Hamra au niveau de la station ITELV de Saida

Abstract

L'objectif global de nos travaux a été porté sur la caractérisation phénotypique et génétique de la race ovine algérienne Hamra sur la base des recommandations de la FAO (2012)[1]. La caractérisation phénotypique a été faite sur la base de trois axes principaux, et cela selon les recommandations de la FAO. En premier, une caractérisation fine de traits morphologiques a été réalisée sur 91 individus adultes (72 femelles et 19 mâles) au niveau de la ferme de l'ITELV localisée à Saida sur les paramètres (21 quantitatifs et 15 qualitatifs) et l'estimation de 8 indices morphologiques de la race. Les résultats montrent que la race Hamra est une race à viande, de conformation moyenne, et présentant un haut dimorphisme sexuel pour toutes les variables quantitatives et indices étudiés avec un poids vif de 43.15 Kg et 71.57et un index du poids de 136.75 et 215, 49 pour les femelles et les males respectivement. Pour la majorité des variables qualitatives étudiées, la race Hamra montre le descriptif comme suit ; la tête de couleur acajou foncé avec un profil de chanfrein droit, encolure droite, les cornes spiralées présents souvent chez les mâles et absents généralement chez les femelles, les oreilles petites et sont couramment semi-horizontales, la queue de texture fine et petite s'arrête au-dessus ou au niveau du jarret, La couleur de la toison blanche dont l'étendue est semi-envahissant avec la tête, le cou et les membres dégagés de couleur acajou foncé. En deuxième lieu, l'analyse des données de reproduction enregistrées au niveau de la ferme pour les cinq compagnes successives allant de 2012 à 2016 et portant sur plus de 1000 naissances a montré un taux moyen de 79,37%± 1,41, 1,23± 0,08, 98,3% ± 7,29, 7,82% 1,05 ±et 22,59%± 3,28 pour les taux respectifs de fertilité, prolificité, fécondité, mortalité à la naissance et mortalité au sevrage. La régression logistique de mortalités des agneaux de la race Hamra entre la Naissance et le sevrage montrent que le sexe d'agneaux n'a pas des effets significatifs dans notre étude alors que les autres facteurs (année, mode de naissance et poids à la naissance des agneaux, l'âge et poids des mères) le montre dont le mode de naissance était le facteur le plus influant avec un facteur de chance de survie de 2,56 et un OR de 3,56 pour les agneaux nés naissances simples par rapport au agneaux nés doubles. Troisièmement, l'analyse finale dans cette partie a été porté sur plus de 1000 agneaux nés à la ferme de Saida durant sept compagnes allant de 2010 à 2016 ; le poids moyen à âge type et leurs écarts-types pour le poids à la naissance, à 30 jours, à 70 jours et à 90 jours ont été respectivement de 3,45 ± 0,60 Kg, 7,75 ± 1,95 Kg,13,14 ± 3,62 Kg et 15,86 ± 4,36 Kg, et leurs vitesses de croissance entre la naissance et 30 jours, entre 30 et 70 jours, entre 70 et 90 jours et entre 0 et 90 jours ont été respectivement 143 ± 5,7 g, 148 ± 7,9 g, 135 ± 6,8 g et 137 ± 4,6 g. tous ces paramètres sont corrélés significativement et positivement entre eux. La modélisation linéaire généralisée a montré l'influence de l'ensemble des facteurs étudiés sur le poids à la naissance avec une ordre d'importance ; mode de naissance, poids des mères à la lutte, l'année, sexe d'agneau, âge de la mère et le mois de naissance et un ordre d'hiérarchie sur le gain moyen quotidien entre la naissance et le sevrage ; année, mode de naissance, poids de la mères, sexe d'agneau, âge de la mère et le poids à la naissance des agneaux. Enfin la caractérisation génétique a été faite grâce à l'étude de la diversité génétique de la race Hamra en Algérie (ferme privés et fermes étatique) et la même race appelée Beni Ghil au Maroc. Nos résultats ont montré que Le coefficient de consanguinité FIS était faible pour les trois populations et que la majorité des individus ont montrés un index de fixation négatif. L'indice de diversification FST par paire a montré une distance modérée entre la race Hamra des fermes pilotes et les deux autres populations ; race Hamra des ferme privées en Algérie et race Beni Ghil de Maroc avec un FST de 0,053 et 0,045 respectivement. Alors qu'aucune distance signalée entre ces deux dernières. Notre analyse de l'ensemble des données qui a nécessité la réalisation d'un génotypage SNP à l'échelle du génome (Admixture, NetView et Chrompainter/ finestructure, sPCA, segments d'IBD et les ROHs), faite pour ces trois populations, montre bien que seuls les individus des fermes pilotes n'étaient pas homogénéisés et préservent au moins une partie de la spécificité génétique de la race. L'effectif réduit ainsi que l'homogénéisation génétique pour le cheptel privé observé remet en question l'intégrité de cette race locale, dont la conservation est d'une importance cruciale pour l'avenir du secteur de l'élevage de la race Hamra en Algérie