Optimisation de protocole d'établissement de profils génétiques obtenus a partir d'ADN extrait du prélèvement du sang sur cartes FTA

Abstract

Actuellement l’empreinte génétique est le moyen clé d’identification en service judicaire, cette dernière est établie par la PCR multiplex des STRs en utilisant différents kits commerciaux. Le kit PowerPlex® ESI 16 system est prévu pour l’établissement des profils génétiques par la co- amplification de seize locus marqués différemment. Les protocoles décrits dans ces propres manuels ont été testés selon des spécifications prédéterminées par le fabricant afin de garantir une qualité constante du produit. Cependant, pour des raisons d’assurance qualité, chaque laboratoire doit déterminer la pertinence du produit pour son usage particulier. En fait, le protocole standard utilisé par les analystes du laboratoire d’identification génétique de l’INCC pour l’établissement des profils génétiques à partir d’ADN extrait du prélèvement du sang (prélèvement de référence) par la technologie des cartes FTA® présentent une forte saturation qui s’exprime par des hauteurs de pics très élevées puis l’abondance des artéfacts. La présente étude avait pour objectif d’obtenir des profils génétiques exploitables. Pour cela, nous avons optimisé le protocole standard en se basant sur deux paramètres : d’abord, le nombre de lavages du punch imprégné du sang a été augmenté de 3 lavages (définit par le fabricant) à 4 lavages au tampon TE afin de tester l’effet du lavage sur le taux d’inhibition posée par l’hémoglobine et sur l’élimination de l’ADN immobilisé sur la carte FTA®. Par ailleurs, le nombre de cycles de PCR multiplex a été diminué de façon décroissante de 29 cycles (défini par le fournisseur) jusqu’à 24 cycles dans le but de déterminer le nombre de cycle adéquat pour donner un profil ADN complet et interprétable.

Les résultats obtenus ont montré que le lavage n’a pas un effet significatif sur la quantité d’ADN immobilisée sur la carte FTA (p >0,05) et l’effet sur le taux d’inhibition n’a pas également été observé. Les hauteurs de pics optimales ont été obtenues par les groupes d’échantillons amplifiés à 25 cycles de PCR.

En conclusion, l’avancée majeure de ce travail est la mise en évidence d’un nouveau protocole optimisé. Le nombre de lavages retenu a été celui défini par le fabricant (3 lavages) et le nombre de cycles d’amplification requis a été 25 cycles.