Validation interne de l'extraction d'ADN par la méthode QIA amp a partir d'un prélevement de référence sang et salive

Abstract

L’analyse de l'ADN est devenue une pratique de routine dans les laboratoires de médecine légale du monde entier ; cependant l'obtention d'un bon profil génétique nécessite une bonne méthode d'extraction d’ADN.

Les méthodes d'extraction de l’ADN existent en grand nombre, les meilleurs d’entre elles doivent répondre à deux impératifs : d’une part, fournir des quantités suffisantes d’ADN pour l’établissement de profils génétiques exploitables, et d’autre part, minimiser les inhibiteurs et toutes sortes d’impuretés. Notre travail a consisté à valider en interne l’une de ces méthodes, basée sur l’utilisation du QIAamp Blood Mini Kit (firme QIAGEN), pour extraire l’ADN à partir de prélèvements de référence de sang et de salive. Pour ce faire, plusieurs critères pertinents ont été évalués, la répétabilité et la reproductibilité interne avec des quantités extraites d’ADN restées tout le temps appréciables, comparables à celles données par le fabricant, avec des fluctuations raisonnables En outre, l'étude de rendement effectuée en utilisant une concentration connue d'ADN a été trouvée dans une plage acceptable. Enfin, la dilution du sang pur jusqu’au 1/32ème a donné une quantité d’ADN supérieure à la quantité d’ADN optimale requise pour produire un profil ADN complet et interprétable en utilisant tout kit commercial d'amplification. Le critère de linéarité, testé pour évaluer la PCR RT, a montré que les quantités extraites d’ADN ont été linéairement corrélées, de façon très significative, aux concentrations de départ de la matière biologique; les cycles de seuil de la quantification par PCR en temps réel ont été trouvés proportionnels aux logarithmes des concentrations initiales ci, en accord avec la théorie, ce qui a permis de déterminer l’efficacité E de la quantification trouvée proche de 100%.

Cette validation a permis de consolider la fiabilité du protocole d’extraction QIAamp Blood Mini Kit pour le sang et la salive, elle pourrait servir de guide pour la validation d’autres protocoles basés sur le même kit mais avec des teneurs d’ADN plus faibles.