Identification des gènes bidirectionnels et leur caractéristique intrinsèque chez la souris.

Abstract

Plusieurs études ont montré que les promoteurs des gènes codants pour des protéines peuvent initier la transcription dans les deux directions. La bioinformatique nous a aidé tout au long de notre étude à mieux identifier cette transcription de bidirectionnalités et leurs caractéristiques intrinsèques grâce à l’utilisation des résultats d’une nouvelle technique à haut débit Chromatin ImmunoPrecipitation-Sequencing (ChIP-Seq ) réalisée auparavant par le laboratoire de Technologie Avancée pour le Génome et la Clinique (TAGC) au Marseille. Dans ce manuscrit nous démontrons que cette activité de bidirectionnalité s’exprime préférentiellement dans les cellules des lymphocytes T murins au stade double négatif (DN).

Les résultats des profils moyens obtenus ont montré l’existence d’une classe de gènes bidirectionnels codant_Non codant présentant des profils d’enrichissements en polymérase II (Pol II) au tour du site d’initiation de la transcription (TSS) qui mène aussi à la production des ARNm dans les deux sens .

Grâce à des expériences basées sur la capture d’interactions chromosomiques de CHIP_Seq visualisées par l’outil IGB (Integrated Genome Browser), nous avons eu la possibilité de trouvé un lien entre l’enrichissement en Pol II suivi par une marque épigénétique des histones (H3k4me3) la triméthylation de l’histone3 lysine4 sur la chromatine interviens dans la régulation de la transcription.

En outre, les résultats issus de l’expérience de ChIP-Seq suggèrent que cette classe des gènes riche en séquence GC répété dans leurs promoteurs ce qui confirme que cette polymérase est fonctionnelle et reproductive dans les deux sens. Donc elle partage les mêmes caractéristiques intrinsèques des classes des gènes unidirectionnels. Ainsi l’analyse fonctionnelle de cette classe des gènes de bidirectionnalités montre un score élevé, leur participation à des fonctions spécialement transcriptionnelles est preuves d’après l’analyse fonctionnelle par DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)