Modélisation moléculaire de la structure 3D de la partie extracellulaire de la PROTOCADHERINE-15 : localisation de quelques mutations impliquées dans le syndrome d’USHER

Abstract

Dans ce mémoire nous nous sommes attachées à étudier la structure tridimensionnelle du domaine extracellulaire de la PROTOCADHERINE-15 impliquée dans le syndrome d’USHER, une maladie génétique caractérisée par une perte d’audition congénitale associée à une déficience visuelle progressive par rétinite pigmentaire.La structure tridimensionnelle de la PROTOCADHERINE-15 est encore mal connue, seulement trois structures de celle-ci ont été déterminées expérimentalement (4XHZ.pdb, 5T4M.pdb, 5T4N.pdb).Ce qui fait une grande barrière dans la compréhension de l’impact des mutations sur le fonctionnement de la protéine dans l’USHER. Nous avons donc un premier temps chercher des similarités entre la séquence du domaine extracellulaire de la PROTOCADHERINE-15 et les éventuels patrons avec le programme Blastp. Par la suite, nous avons utilisé trois serveurs web qui se basent sur trois méthodes de prédiction de structure 3D différentes pour modéliser celle du domaine extracellulaire de notre protéine d’intérêt la PROTOCADHERINE-15 : Swiss-model, Phyre2 et I-TASSER. La visualisation de ces structures ainsi que l’analyse de leurs similarités structurales par le calcul des RMS ont été réalisés par le logiciel PyMol. Au moyen de l’analyse de leurs RMS et la longueur de leurs structures protéiques par rapport à celles des fragments de la PROTOCADHERINE-15 déterminées expérimentalement, nous avons pu retenir deux modèles de structures (1 et 2) générées par I-TASSER comme structures probables du domaine extracellulaire de la PROTOCADHERINE-15. La localisation des mutations impliquées dans le syndrome d’USHER dans le domaine extracellulaire de la PROTOCADHERINE-15 montre l’importance de ce domaine de la pathogénicité de cette protéine.