Etude génomique sur les piroplasmoses chez les ruminants

Abstract

Les piroplasmoses (theilérioses et babésioses) et les anaplasmoses sont des maladies vectorielles non contagieuses responsables d'importantes pertes économiques en élevage des ruminants dans les régions tropicales et subtropicales y compris l'Afrique de Nord. La présente thèse est divisée en quatre parties expérimentales. Dans la première partie, nous présentons les résultats d'une enquête participative réalisée en 2014 auprès des éleveurs de bovins de la commune de Beni Hamidéne, Wilaya de Constantine (est-algérien) visant à étudier leurs connaissances, attitudes et perceptions quant aux piroplasmoses bovines. L'étude a été menée auprès de 73 éleveurs de bovins individuellement ou en focus group. La technique d'empilement proportionnel a été utilisée afin de répertorier les différentes maladies bovines et d'estimer leurs pertes économiques. Selon les éleveurs interviewés, les problèmes sanitaires en élevage bovin sont dominés par les piroplasmoses bovines. La theilériose et les babésioses étaient citées respectivement par 67,1 (49/73) et 60,3% (44/73) des éleveurs. L'enquête a révélé que les éleveurs interviewés ne font pas la distinction entre les babésioses et la theilériose. Dans la deuxième partie de l'étude expérimentale, nous avons réalisé une enquête transversale entre juin et octobre 2014 dans la commune de Beni Hamidéne. Cette étude avait pour objectif d'estimer les prévalences d'infections par les piroplasmes et les anaplasmes chez les bovins. Au total, 169 bovins provenant de 25 élevages ont été inclus. Les prévalences d'infections ont été estimées par examen microscopique d'étalements de sang colorés au Giemsa. Parmi les 169 bovins échantillonnés, 77 (46%) étaient infectés par au moins un des trois hémopathogènes. Theileria annulata était l'agent pathogène ayant la prévalence la plus élevée (65/169 ; 38,46%), suivi d'Anaplasma marginale (22/169 ; 13%) et Babesia bovis (5/169 ; 3%). La troisième partie du travail expérimental est une étude menée dans la commune de Beni Hamidéne visant à étudier l'infestation par des tiques ainsi que l'infection par les hémopathogènes des ovins suspects de piroplasmoses et/ou d'anaplasmose pendant la saison des tiques. Un total de 43 ovins présentant des symptômes d'anaplasmose et/ou de piroplasmose répartis, sur 34 troupeaux ovins ont été inclus. Au total, 185 tiques adultes ont été collectées sur 25 ovins, constituées de 104 mâles et 81 femelles, appartenaient à deux genres : Rhipicephalus et Hyalomma et quatre espèces : Rhipicephalus bursa (164/185 ; 88,6%), Rhipicephalus sanguineus sensu lato (16/185 ; 8,6%), Rhipicephalus (Boophilus) annulatus (4/185 ; 2,2%) et Hyalomma scupense (1/185 ; 0,5 ± 1%). L'étalement de sang coloré au Giemsa a révélé que près de la moitié des ovins (20/43 ; 46 ± 15%) étaient infectés par au moins un hémopathogène. Les taux d'infections ont été estimés à 44% (n=19) ; 14% (n=6) et 2% (n=1) pour respectivement Anaplasma spp., Babesia spp. et Theileria spp. La quatrième partie de l'étude expérimentale avait pour but d'étudier les infections et les co-infections chez 66 bovins présentant des symptômes de piroplasmose et/ou d'anaplasmose. L'étude a été menée entre début mai et fin septembre durant quatre années 2017, 2018, 2020 et 2021. La PCR a révélé que T. annulata était présent chez tous les animaux testés suivi de B. bovis (31,8%), A. marginale (22,7%) et B. bigemina (4,5%) (p< 0,001). L'étalement de sang coloré au Giemsa a révélé que respectivement 66,7, 10,6 et 9,1% des animaux testés étaient infectés par T. annulata, Babesia spp. et A. marginale (p< 0,001). La PCR a révélé sept co-infections : T. annulata/A. marginale (22,7%), T. annulata/B. bovis (31,8%), T. annulata/B. bigemina (4,5%), T. annulata/A. marginale/B. bovis (10,6%), T. annulata/B. bovis/B. bigemina (3%), T. annulata/A. marginale/B. bigemina (1,5%) et T. annulata/A. marginale/B. bigemina/B. bovis (1,5%). Les analyses phylogénétiques ont montré que les séquences partielles des gènes Tams1 de T. annulata et gp45 de B. bigemina obtenues dans cette étude étaient identiques aux séquences isolées respectivement, en Mauritanie et en Afrique du Sud. Les trois amplicons d'A. marginale obtenus dans cette étude partageraient une homologie de 99,63 à 99,88% entre elles.