Etude in silico de la variabilité génétique du gène de la résistance à la rifampicine rpoB chez Mycobacterium bovis isolé en Algérie et étude phylogénétique basée sur le gène PGRS26

Abstract

Dans la présente étude, nous rapportons une analyse in silico portant sur les séquences de souches de Mycobacterium bovis isolées de bovins en Algérie, obtenues par Tazerart et al. (2021), où ils ont réalisé le séquençage complet du génome (WGS) de souches locales. La variabilité génétique du gène rpoB responsable de la résistance à la rifampicine chez Mycobacterium bovis a été analysée en comparant les souches isolées de bovins en Algérie avec des souches zoonotiques afin de mieux comprendre les mécanismes de la résistance à la rifampicine. L’étude phylogénétique des souches MTB été également réalisée en se basant sur l’analyse du gène PGRS26 codant pour une protéine antigénique. L’étude du gène rpoB était basée sur les séquences génomiques, disponibles sur la base de données NCBI GenBank, qui ont été collectées pour effectuer un alignement multiple au moyen du logiciel BioEdit et visualisée par JalView. Ces séquences ont été comparées à d’autres isolats issus de différentes régions du monde, provenant aussi bien de bovins que de l’Homme. L’approche phylogénétique par l’analyse du gène PGRS26 était réalisé avec des séquences collectées de la même base de données, curées et alignées avec le site Phylogeny.fr et enfin l’analyse phylogénétique par le logiciel MEGA11. L’analyse des séquences du gène rpoB chez les souches locales a révélé une forte homologie avec celles d’isolats provenant de différentes régions géographiques isolées chez les bovins, témoignant d’une conservation génétique marquée. En revanche, la comparaison avec les souches zoonotiques de M. bovis a mis en évidence une variabilité génétique, notamment au niveau de la région déterminante de la résistance à la rifampicine (RRDR). Le premier arbre phylogénétique basé sur le gène PGRS26 des souches M .bovis a permis d’évaluer la diversité génétique des souches algériennes comparées à des isolats du monde. Deux clades principaux ont été identifiés et les souches locales montrent une stabilité génétique notable avec une distance patristique de 9.15 × 10⁻³ par rapport à la souche de référence, sauf la souche CSURQ1134, qui était à une distance de 2.734 × 10⁻³. Le deuxième arbre phylogénétique incluant les souches du complexe MTB révèle une divergence génétique entre ces espèces tout en mettant en exergue un clade ancestral conservé {M. tuberculosis, M. caprae, M. orygis et M. bovis BCG}. Il est intéressant de noter que les souches algériennes restent phylogénétiquement proches de la souche de référence de Mycobacterium bovis avec une distance patristique de 3,43 × 10⁻⁴ Le gène PGRS26 présente une séquence relativement variable entre les différentes souches du MTBC, ce qui en fait un bon marqueur pour les analyses phylogénétiques. Son inclusion permet de mieux appréhender les relations évolutives entre les souches de M. bovis isolées en Algérie et celles d’autres régions ou pays. Les résultats obtenus dans le présent travail contribuent à une compréhension approfondie du profil moléculaire de ces isolats et nous incitent à renforcer les efforts de surveillance et de contrôle de la tuberculose bovine en Algérie