Etude par méthode bioinformatique du polymorphisme du gène aquaporine (AQP) chez les diabétiques

Abstract

Plusieurs facteurs contribuent au développement du diabète qui est une maladie chronique complexe se traduisant par une hyperglycémie qui conduit à son tour à des lésions affectant plusieurs appareils ou systèmes ; les facteurs environnementaux et les facteurs génétiques dont certains gènes sont mutés donnent des protéines tronquées, parmi ces gènes on a les gènes codant pour les aquaporines qui sont des protéines membranaires intégrales jouant un rôle important dans le transport de l'eau et le glycérol dans les différents organes (œil, voies respiratoires,…) et affinent la réabsorption de l'eau au niveau rénal. Les variations génétiques mononucléiques (SNP) des gènes codant pour ces aquaporines pourraient être impliquées dans l'apparition de diabète. Notre étude in silico repose sur l'utilisation des outils bioinformatique pour trouver les SNP des gènes aquaporines impliqués dans le diabète. Pour répondre à la problématique de notre étude in silico, nous avons utilisé les séquences nucléotidiques stockées dans les bases de données à accès libre comme NCBI, et c'est grâce aux outils NCBI, Ensembl, UCSC et Galaxy qu'on a pu obtenir une liste interminable de SNP des gènes AQP2, 7 et 11. Afin de sélectionner seulement les rs qui sont impliqués dans l'apparition du diabète on s'est servi de l'outil LitVar qui nous a permis d'associer chaque rs avec le type de diabète qu'il peut provoquer. Nos résultats confirment l'implication des aquaporines 2, 7 et 11 dans la physiopathologie du diabète, plus précisément le diabète de type 2 et le diabète insipide néphrogénique grâce à la présence de huit SNP dans le gène AQP2 dont cinq sont situés au niveau de l'exon 1 (rs1288385043, rs964170650, rs28931580, rs1468828294 et le rs149659001), un SNP situé au niveau de l'exon 2 (rs104894333) et deux SNP situés au niveau de l'exon 4 (rs750321982 et rs104894339) impliqués dans l'apparition du diabète insipide néphrogénique, deux SNP dans le gène AQP7 (rs2989924 et rs3758269) et un seul SNP situé au niveau de l'exon 1 du gène AQP11 (rs2276415) impliqué dans l'apparition du diabète type 2.