Résumé:
Les virus sont des agents infectieux qui nécessitent un hôte souvent une cellule, parmi eux il
y’a les coronavirus qui sont des virus à ARN simple brin sens positif, leur nom est dû à
l'apparence d'une couronne solaire. Dans cette étude nous avons inventorié les espèces animales
touché par le coronavirus puis nous avons réalisé une comparaison par une analyse
phylogénétique entre les souches virales qui ont touché ces animaux avec les souches virales
qui ont touché l'homme. Pour la réalisation de ce travail nous avons utilisé des outils de
bioinformatiques permettant l'analyse phylogénétique et la détermination des haplotypes, les
logiciels utilisés sont, MEGA5, DnaSP, NetWork et DAMBE. Ces analyses sont appliquées sur
des séquences d’ADN extraite de la GenBank de deux gènes, Rdrp et S. Nous avons classé les
souches virales de chaque gène selon l'espèce animale infecté et la zone géographique où il a
été retrouvé.
Nous avons travaillé sur 33 séquences nucléotidiques du gène S de différentes souches telles
que SARS-CoV1 et MERS-CoV infectant l’homme, Bat-CoV infectant les chauves-souris,
PEDV et PDCOV infectant le porc, à travers plusieurs pays comme la Chine, l’Arabie Saoudite,
les Etats-Unis, le Japon, l’Espagne. Nous avons trouvé qu’il y a une accumulation des mutations
au sein du gène S entre les différentes souches et que certains changements de nucléotides sur
ce gène de pointe peuvent provoquer une transmission du virus de l’animal à l’homme.
L’analyse du gène RdRp a été basé sur 32 séquences nucléotidiques de différentes souches
virales ; les résultats obtenus prouvent la présence des souches Bat-Cov infectant les chauvesouris
dans presque tous les continents du monde, RtCov infectant les rongeurs en Asie,
HCov/229 qui touche l’homme au Brésil et en Slovénie, PEDV et PHEV du porc en Italie,
BCov touchant les bovins en Slovénie, FRSCV des furets au Pérou, et ECov des hérissons en
Chine. Sachant que le coronavirus est considéré comme l'un des plus anciens virus il n’est pas
surprenant que la RdRp virale est une polymérase évolutive primitive et les mutations de ce
gène conduisent à l'apparition des différentes souches de virus affectant différentes espèces
dans des zones géographiques variables.
Les résultats obtenus des deux gènes S et RdRp nous ont démontré que la diversité génétique
entre les souches de coronavirus est très élevée que ce soit pour les souches qui infectent les
animaux ou celles qui infectent l’homme dans différents pays du monde
