Résumé:
Les méthodes génotypiques remplacent progressivement les méthodes phénotypiques en
raison de leur pouvoir discriminant, sensibilité et spécificité plus élevés. Le typage des bactéries
est la caractérisation d’isolats ou des souches au-dessous de l’espèce ou de la sous-espèce.
De manière générale, les systèmes de génotypage sont utilisés pour étudier la dynamique des
populations bactériennes et la propagation des bactéries et autres micro-organismes qui
subissent une reproduction non sexuelle (clonale), dans la nature ou en milieu clinique, à des
niveaux allant d'un seul hôte à l'écosystème de la population mondiale. Il est également utilisé
pour étudier la structure des populations bactériennes, leur diversité génétique et la
pathogénicité des infections.
Il peut être effectué, selon la situation : (i) localement, dans un hôpital ou un autre
laboratoire primaire, pour de petites investigations ; (ii) au niveau régional ou national, dans un laboratoire de référence, pour traiter des questions plus larges de santé publique et de surveillance ; ou (iii) à l'international, à travers des réseaux collaboratifs, pour définir ou étudier la diffusion mondiale des principaux clones bactériens.
Les méthodes de génotypage actuellement utilisées peuvent être classer en trois grandes
catégories : (i) les méthodes basées sur la restriction enzymatique ; (ii) les méthodes basées sur l’analyse de profils de bandes après amplification de régions cibles ; et (iii) les méthodes basées sur le séquençage d’ADN.
Bien que ces techniques ne soient pas toutes aussi efficaces pour le typage de tous les
organismes, l’électrophorèse en champ pulsé est depuis longtemps considérée comme le « Gold standard » pour le typage de la plupart des agents pathogènes.
Cependant, avec l’évolution des techniques de séquençage de nouvelle génération, le
séquençage du génome entier des pathogènes est devenu la norme de référence. Néanmoins, les praticiens sont souvent limités en raison des coûts ou du manque de ressources. Par conséquence, du moins dans l’avenir immédiat, l’électrophorèse en champ pulsé continuera d’être la méthode la plus fréquemment employée en matière de génotypage bactérien.
