Recherche de gènes de biodégradation des xénobiotiques chez les bactéries pour des fins de bioremédiation et détection de polymorphisme

Abstract

Les activités anthropiques abusif entraînent l'accumulation de larges gammes de composés chimiques synthétiques (xénobiotiques) dans l’environnement. L’accumulation de ces composés dans le sol et les eaux peuvent perturber les différents écosystèmes. De plus, ces composés sont pour la plupart cancérigènes, posant des risques pour la santé humaine et animale et persistent pendant une longue durée. Leur élimination ne peut se faire que moyennant des frais considérables. Le procédé de bioremédiation au moyen de microorganismes spécifiques est une technique durable et rentable économiquement, permettant l’élimination des polluants xénobiotiques. Certaines bactéries possèdent des gènes servant à générer la capacité de dégrader ces substances xénobiotiques, d’où la possibilité d’éliminer les polluants environnementaux selon un processus biologique. Dans ce mémoire de fin d’étude, nous avons réalisé un travail documentaire, en consultant les nouveautés des publications scientifiques dans le domaine de la bioremédiation, particulièrement exercées par des agents bactériens. Nous avons sélectionné par la suite l’étude in silico des six gènes de catabolisme de l’atrazine (atzA, atzB, atzC, atzD,atzE, atzF) chez Pseudomonas sp. ADP. La partie expérimentale a été réalisé intégralement en ligne, sur la plateforme NCBI et les banques de données protéiques (PDB et UniProt). Nous avons obtenu comme résultats que les gènes atz se situes au niveau du plasmide conjugatif pADP-1, ils génèrent le catabolisme complet de l’atrazine en deux principales voies ; voies haute (atzABC) et voie basse (atzDEF) afin de l’utiliser comme source d’azote. Ces gènes présentent une plasticité génétique importante, ils sont trouvés disséminés dans l’environnement, et partagent des pourcentages de similarités importantes avec des bactéries phylogénétiquement éloignées. Malgré ces résultats, Les gènes atz ne présentes pas un polymorphisme important. Le transfère Horizontal des gènes (HGT) et la transposition médiée par les éléments transposables présents dans le plasmide pADP-1, constituent les principaux mécanismes de transfère et variation des gènes atz