Résumé:
Poussées par la sélection naturelle, la dérive génétique aléatoire, l'édition de gènes et les réponses immunitaires de l'hôte, les virus évoluent constamment à travers des mutations, qui créent de la diversité génétique et génèrent de nouveaux variants. Pour bien comprendre comment la mutation affectera l'infectiosité, la transmission et la virulence du SARS-CoV-2, il sera d'une grande importance d'étudier les mutations sur le SARS-CoV-2, en particulier ses gènes les plus variables dont la protéine S et son domaine de liaison des récepteurs. Par conséquent, dans ce travail, nous nous concentrons principalement sur ces mutations et les mutations de la protéine de la pointe S.
Pour réaliser une étude comparative entre les variants et les mutations qui les ont touchées à travers plusieurs pays au monde, nous avons traité plusieurs séquences génomiques qui ont été rapidement accumulées à la GenBank depuis janvier 2020, séquencées et publiées par plusieurs laboratoires au monde. Ces séquences nous ont permis de construire des arbres phylogénétiques en utilisant un outil de bio-informatique très puissant, amélioré dernièrement pour étudier le Covid qui est MEGA version 11. La distribution des séquences mutées de différentes souches à travers le monde dans les arbres phylogénétiques montre que la majorité des mutations pour chaque variant se retrouvent dans la protéine S, ainsi que tous les variants portant la mutation D614G et la mutation N501Y qui modifient légèrement l’extrémité de la protéine S, et augmentent l’affinité entre cette protéine et le récepteur de conversion de l’angiotensine 2 des cellules de l’hôte. Mais en plus de la mutation D614G le variant delta combine entre les deux mutations L452R et E484K qui sont responsables de l’échappement de la réponse immunitaire de l’hôte ; c’est ce qui rend le variant delta plus dangereux et plus transmissible que les autres variants
