La mise au point de la HRM dans l’identification des espèces de Leishmania en Algérie

Abstract

Les leishmanioses sont des anthropozoonoses tropicales négligées. Elles se manifestent sous trois formes cliniques variées qui peuvent entrainer des issues mortelles, contractées dans 92 pays y compris l’Algérie ou sévissent les formes cutanées et viscérales. L’endémicité de cette maladie a entrainé une forte demande de diagnostic aux laboratoires de cette affection. Pour cela, l’objectif de ce travail est de détecter et identifier les espèces de Leishmania circulantes en Algérie, par une technique non classique qui est la PCR-HRM, et évaluer sa sensibilité et spécificité. Pour arriver à ça, deux types d’extractions, par Kit Qiagen et par le Phénol chloroform ont été faites, à partir des cultures parasitaires de cinq souches de Leishmania décongelées de la banque des souches Leishmania de l’IPA. Le choix dépend de certains nombres de facteurs y compris le type d’échantillon, la quantité de départ, la simplicité et le cout. Nos échantillons d’ADN extraits ont été analysés qualitativement par une électrophorèse sur gel d’agarose, et quantitativement par un dosage optique, et testés par une PCR-HRM in vitro à partir de deux amorces, la 7SL-RNA et l’ITS1, puis in silico par cinq amorces dont : la 7SL-RNA, l’ITS1, Hsp70, Hsp20 et la Gp63. Les résultats de la PCR-HRM confirme sa sensibilité par rapport aux basses concentrations et sa spécificité aux espèces, qui la rendre une technique fiable pour l’identification des espèces de Leishmania. Les résultats de la PCR-HRM des amorces sélectionnées in silico ont montré une sensibilité très élevée par rapport aux températures de fusion précises, et ils ont confirmé la conservation du génome entre Leishmania spp