Etablissement de la relation génétique entre trois espèces du genre Thymus : Thymus fontanesii Boiss et Reut, Thymus algériensis et Thymus lanceolatus, par utilisation d’un marqueur moléculaire RAPD

Abstract

Le genre Thymus de la famille des Lamiacées est un genre qui comprend une grande variété d’espèces dont le déterminisme génétique reste difficile, en raison de l’hybridation interspécifique entre elles, la polyploïdie et les similitudes morphologiques. L’objectif de se travail est d’évaluer la diversité génétique entre huit écotypes appartenant aux trois espèces du genre Thymus (Thymus fontanesii Boiss et Reut, Thymus algériensis et Thymus lanceolatus Desf), par l’utilisation des marqueurs d’ADN amplifies aléatoire « RAPD ». L’ADN génomique a été extrait par la méthode CTAB (Cétyl Triméthyl Ammonium Bromure) et fragmenté par électrophorèse sur gel d’agarose, quatre amorces (OPJ-08, OPD-19, OPAG-02et OPAN-08) sont utilisées pour l’amplification par la réaction de polymérisation en chaine (PCR). Ces dernières ont générées 39 bandes dont 38 bandes polymorphes avec un pourcentage de 96.43% et une bande monomorphe. L’analyse de la similarité entre les huit écotypes basée sur l’indice de Gower, démontre que la distance entre ces derniers est située entre 0.066 - 0.785. De même, les indices de diversité (indice de dominance D, indice de Simpson et indice de Shannon) et de similitude (Indice de Gower) nous ont amené à démontrer que Thymus lanceolatus est l’espèce dominante et que T.algériensis est la plus diversifiée. Par ailleurs, l’analyse des composantes principales (ACP) et celle des coordonnées principales (ACoP) ont permis de diviser les huit écotypes en trois groupes bien distincts. En outre, le dendrogramme reconstruit a confirmé les résultats de l’analyse statistique en classant les écotypes analysés en trois groupes avec présence d’un écotype de l’espèce T. fontanesii dans le groupe de T. algériensis. Les marqueurs RAPD semblent être adaptés pour déterminer le locus polymorphe et estimer la similarité génétique entre les trois espèces du genre Thymus.