Caractérisation moléculaire de gènes de résistance aux antibiotiques chez les bactéries isolées à partir des eaux usées traitées rejetées à la mer

Abstract

L'utilisation intensive d'antibiotiques à des fins humaines, vétérinaires et agricoles entraîne leur rejet continu dans l'environnement. Avec les antibiotiques, des bactéries résistantes aux antibiotiques (BRA) et des gènes de résistance aux antibiotiques (GRA) sont introduits dans les eaux usées. Les usines de traitement des eaux usées (STEP) sont considérées comme des points chauds probables pour la dissémination de la résistance aux antibiotiques dans l'environnement, car elles offrent des conditions propices à la prolifération des BRA ainsi qu'au transfert horizontal des GRA entre différents micro-organismes. Au cours de cette étude, Nous avons procédé à la caractérisation préliminaire de 93 souches bactériennes isolées à partir des eaux usées traitées rejetées à la mer, conservées à la souchothèque du laboratoire de la plateforme génomique - bio-informatique de l’institut Pasteur Algérie. Nous avons également étudié leur profil de résistance aux antibiotiques. En seconde partie, une recherche de gènes de résistances spécifiques par PCR et une caractérisation moléculaire par séquençage ont été effectué pour les souches sélectionnées. Les résultats d’identification préliminaires ont permis d’affilier les 93 souches à 4 groupes différents : les staphylocoques (39 souches), les entérocoques et streptocoques (27 souches), les entérobactéries (20 souches) et les Pseudomonas (7 souches). L’étude de l’activité antibactérienne vis-à-vis des antibiotiques a montré une variation de résistances selon les germes bactériens. De plus, les gènes de résistances tem pour la résistance aux bêta-lactamines et tet pour celui de la tétracycline ont été détectés et caractérisés chez 08 souches d’entérobactéries. Quatre d’entre elles présentent les deux gènes à la fois. Aucun gène n’a été détecté pour les autres groupes bactériens. L’analyse de L’ADNr 16S et l’arbre phylogénétique obtenu ont montré que nos 07 souches appartenaient à deux clades d’entérobactéries, le premier dominé par le genre Citrobacter et le deuxième par les genres Escherichia/Shigella, avec degré de similitude avec inférieur à 97%, Des investigations plus fines seront conduites pour déterminer l’identification taxonomique exacte de ces bactéries