Analyse de la fréquence du variant R620W du gène PTPN22 dans la population Algérienne

Abstract

La polyarthrite rhumatoïde (PR) est une maladie inflammatoire, systémique et auto-immune qui affecte environ 0,3 à 1% de la population générale adulte, avec une prédominance féminine. Elle est caractérisée par une destruction de l’os et du cartilage articulaire avec une hyperplasie de la membrane synoviale. L’existence de facteurs génétiques de la PR est connue depuis longtemps. L’association génétique la plus forte est observée avec les gènes codant pour les molécules HLA- DRB1 qui contribuent à hauteur de 30% dans le risque familial global alors que le gène PTPN22 est l’un des principaux facteurs génétiques non-HLA codant pour la protéine LYP impliquée dans la régulation des lymphocytes T (LT), acteurs majeurs de l’inflammation synoviale de la PR.

Notre travail comporte deux parties : une méta-analyse et une étude Bio-informatique.

La méta-analyse comporte deux volets. Un volet dont l’objectif est l’étude de la fréquence du polymorphisme C1858T du gène PTPN22 dans la population normale après cumul des effectifs obtenus à partir de trois études indépendantes effectuées sur la population Algérienne. Le deuxième volet a pour objectif l’analyse de l’association du polymorphisme C1858T du gène PTPN22 à la PR dans la population Algérienne après cumul des effectifs obtenus à partir de deux études indépendantes. Ces deux études remplissent les critères d’inclusion nécessaires à une méta-analyse. A l’issue de notre méta-analyse, Nos résultas ont montré que l’allèle mineur T du est associé à la PR de façon significative (OR=3.8%CI 95% (1.85-4.74)) ; P<0.0001). L’étude Bio-informatique est une étude théorique réalisée à partir de la séquence en acides aminés de la protéine LYP, extraite à partir de la banque UniProtKB sur le portail EXPASY. Cette étude est basée sur l’utilisation de logiciels bioinformatiques de prédictions permettant l’annotation des protéines et accessibles gratuitement à partir de portails bio-informatiques publiques. Avec l’outil Clustalomega, nous avons montré que la fonction biologique et la structure biochimique de la protéine LYP sont hautement conservées chez les primates, ce qui nous a permis d’appréhenderl’importance du rôle biologiquede cette protéine. Nous avons réalisé une caractérisation physicochimique de la protéine LYP avec l’outil PROTPARAM, une prévision de ses structures secondaires et 3D à l’aide des outils PSIPRED et SWISS-MODEL, respectivement. Des motifs fonctionnels en accord avec une activité enzymatique de type PTPase,ont été identifiés à l’aide de l’outil PROSITE. Tous ces résultats démontrent la puissance des outilsde la bio- informatique et la nécessité de les intégrer dans toute recherche envisagée en biologie