Résumé:
Cette étude avait pour objectif de déterminer la prévalence de Staphylococcus aureus dans un environnement hospitalier ainsi que le portage nasal chez les patients et le personnel médical d'un hôpital à la Wilaya d’Oran dans l'ouest algérien. De plus, elle visait à examiner la résistance bactérienne et la virulence des souches isolées, ainsi qu'à identifier les gènes associés.
Au total, 550 prélèvements ont été collectés sur des surfaces hospitalières, du matériel biomédical, ainsi que dans les narines des patients et du personnel médical, révélant la présence de 92 souches de Staphylococcus aureus. Des tests d'antibiogramme ont été réalisés sur ces souches, suivis d'une recherche par Polymerase Chain Reaction des gènes de résistance à la méthicilline, à la clindamycine inductible, ainsi que des gènes codant pour les toxines Leucocidine de Panton-Valentine et Toxic Shock Syndrome Toxin-
Ces analyses ont révélé la présence de 22 souches présentant une résistance à la méticilline et/ou à la clindamycine inductible, qui ont ensuite été soumises à un séquençage complet du génome, suivi de l'élaboration d'un pangénome pour identifier les clusters au sein de la collection bactérienne.
Les résultats ont montré des prévalences de 27%, 30% et 13% de Staphylococcus aureus (dont 2,7%, 5% et 1,25% de SARM) chez les patients, le personnel soignant et dans l'environnement hospitalier, respectivement. Les gènes mecA, erm, pvl et tsst-1 ont été détectés dans 10,9%, 17,4%, 7,6% et 18,5% des échantillons, respectivement. Le séquençage a permis d'identifier sept types de séquences, notamment trois SARM-IV-ST6, deux SARM-IV-ST80-PVL+, deux SARM-IV-ST22TSST-1, deux SARM-V-ST5 et un SARM-IV-ST398, ainsi que de nombreux gènes de virulence. L'analyse pangénomique a révélé une parenté entre des souches provenant de différentes sources.
