Identification et caracterisation moleculaire du virus de l'influenza aviaire h5nx dans les elevages avicoles en algerie

Abstract

La présente étude est une contribution à la caractérisation des souches d’Influenza aviaire hautement pathogène (H5Nx) responsables de problèmes respiratoires associés à une importante mortalité chez la volaille en Algérie en vue d’une stratégie préventive. En effet, deux épizooties de grippe aviaire ont été dévastatrices pour le secteur avicole sur le plan financier pour les éleveurs, d’une part et sur la disponibilité des produits et sous-produits avicoles pour le consommateur, d’autre part. L’expression clinique et nécropsique particulière, jamais rencontrée par les vétérinaires auparavant, a contribué à la difficulté du diagnostic et au contrôle de cet évènement sanitaire. L’objectif du présent travail vise (i) à identifier les souches virales au sein des élevages avicoles en Algérie et les sous types existants et (ii) la caractérisation moléculaire et l’étude phylogénétique des souches AIV circulantes. Sur la base des observations nécropsiques, une atteinte systémique des organes avec un syndrome congestivo-hémorragique a été constaté sur les cas de morbidité et mortalité de 167 élevages distribués dans la région centrale du nord de l’Algérie. A partir des organes cibles prélevés, une extraction d’ARN suivie d’une série de PCR real time (RRT-PCR) a été réalisée en vue de détecter le gène de la matrice (M) du virus de la grippe ainsi que la PCR conventionnelle (RT- PCR) pour effectuer le sous-typage de la souche en caractérisant le gène HA et NA. Les résultats obtenus ont permis de détecter 77 élevages positifs à l’AIV et de définir une première épizootie, durant la période de décembre 2020 à mai 2021, causée par la souche H5N8 (13 élevages) ainsi qu’une deuxième de septembre 2022 à juillet 2023 causée par la souche H5N1 (10 élevages). Afin de d’approfondir la caractérisation moléculaire, d’étudier la phylogénie et d’avoir une idée sur l’origine du virus, un séquençage par la méthode de Sanger a été lancé pour les déterminants antigéniques HA et NA après amplification des gènes cibles avec une RT-PCR et une PCR semi-nichée. Le traitement des séquences obtenues a montré que les souches algériennes appartenaient au pathotype hautement pathogène après la détection d’un site de clivage qui présente un motif d’acides aminés multi-basiques ‘PLREKRRKR/GLF’. Les deux séquences conservées du gène H5 des deux sous-types présentaient une différence de 34 bases représentant 7 acides aminés (AA) sur les 567 AA alignés. La matrice de similitude conduite entre les séquences de chaque gène a montré une homologie nucléotidique entre 99 et 100% pour les deux gènes du sous type H5N8 et de plus de 99% pour les deux gènes du sous type H5N1. L’alignement réalisé entre les séquences du gène H5 (H5N1) avec la séquence de la souche vaccinale a montré une homologie nucléotidique entre 90 et 91% et peptidique entre 92 et 94%. L’étude phylogénétique du sous-type H5N8 a montré une proximité génétique pour le gène H5 avec des souches isolées au Nigeria et en Chine (>99%) ainsi que pour le gène N8 avec des souches isolées en France et au Kazakhstan (>98%). Les deux gènes du sous type H5N1 étaient apparentés à une souche isolée en Mauritanie avec plus de 98% d’homologie. L’appartenance de nos souches à la lignée eurasienne des virus H5Nx a été également recherchée avec une analyse phylogénétique, même si le gène N1 semble être proche des deux lignées (eurasienne et nord-américaine). Pour ce qui est du risque zoonotique, le danger est certes réel pour les travailleurs des fermes avicoles. Par conséquent, des plans d’action bien établi et des gestes corrects doivent être appliqués dans les exploitations avicoles lors des épizooties afin de minimiser la transmission des pathogènes. En conclusion, l’étude a permis de caractériser les virus H5N8 et H5N1 qui circulaient en Algérie entre 2020 et 2023 ainsi leur probable origine ce qui nous donne une idée sur la provenance des virus H5Nx lors de leurs futures introductions.