Résumé:
Six souches d’actinobactéries appartenant au genre Saccharothrix; S. algeriensis DSM 4458T, S. hoggarensis DSM 45457T, S. saharensis DSM 45456T, S. tamanrassetensis DSM 45947T, S. isguenensis DSM 46885T, et S. ghardaiensis DSM 46886T isolées de sols sahariens d’Algérie, et une souche Saccharothrix sp. CA3 provenant de la mer méditerranée d’Algérie ont été sélectionnées pour une analyse phylogénétique.
Une étude moléculaire portant sur le séquençage du gène qui code pour l’ADNr 16S a permis de confirmer l’appartenance de cette souche Saccharothrix, cela a déjà été constaté lors des études morphologiques. L’alignement de sa séquence d’ADNr 16S par le blast (Basic Local Alignment Search Tools), sur Ez-taxon-e (https://www.ezbiocloud.net/) a montré qu’elle présente un pourcentage de similarité de 99,86% avec l’espèce la plus proche S. tamanrassetensis DSM 45947T provenant du sol saharien, et l’arbre phylogénétique conçu en utilisant le logiciel MEGA version 7.0 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis program) par la méthode du "neighbor-joining" a montré qu’elle forme un cluster distinct avec cette espèce. Les séquences d’ADNr 16S des 6 souches ont été téléchargées de la base de données NCBI (National Center for Biotechnology Information).
L’alignement des séquences d’ADNr 16S par le blast des six souches de Saccharothrix téléchargées à montrer des taux supérieur à 98,65 % la limite de la détermination de nouvelles espèces. L’analyse phylogénétique par la méthode du "neighbor-joining" montre que S. algeriensis DSM 4458T forme un cluster distinct avec S. australiensis DSM 43800T et se détache des autres espèces du genre Saccharothrix, l’espèce S. hoggarensis DSM 45457T se rapproche de trois espèces S. ecbatanensis UTMC 537T, S. isguenensis DSM 46885T, et S. longispora DSM 43749T, et se détache des autres, l’espèce S. saharensis DSM 45456T se rapprochée phylogénétiquement de
S. carnea NEAU yn17T, l’espèce S. tamanrassetensis DSM 45947T forme bien un cluster avec la souche CA3,et s’éloigne nettement des autres, l’espèce S. isguenensis DSM 46885T clairement se rapproche phylogénétiquement de S. ecbatanensis DSM 44229T, forme un cluster avec et se détache des autres, et l’espèce S. ghardaiensis DSM 46886T se détache de ces espèces en formant une lignée bien distincte.
Les tests d’hybridations ADN-ADN réalisés pour les six séquences des souches ont montrés des pourcentages inférieurs à la limite de 70 %, ce qui a permet de conclure qu’elles sont de nouvelles espèces du genre Saccharothrix.
