Identification des gènes et des voies de signalisations associés maladies auto-immunes cas Diabète type1 par analyse bio-informatique

Abstract

Le diabète de type 1 (DT1) est une maladie auto-immune caractérisée par la destruction progressive des cellules bêta pancréatiques, entraînant une carence absolue en insuline.. Dans le cadre de cette étude, une approche bioinformatique in silico a été utilisée pour analyser le profil d'expression génique des monocytes issus de différents groupes : patients récemment diagnostiqués DT1 (ROT1D), leurs frères et soeurs à haut (HRS) et faible risque (LRS), ainsi que des témoins sains non apparentés (uHC). Les données transcriptomiques ont été extraites de la base GEO (série GSE232310) et traitées à l’aide de plusieurs outils tels que GEO2R, Limma, DESeq2 pour l’identification des gènes différentiellement exprimés, et STRING-db, DAVID, Enrichr-KG ou NetworkAnalyst pour l’analyse des voies biologiques et des réseaux protéine-protéine. Les analyses ont permis d’identifier 293 gènes différentiellement exprimés dans le groupe ROT1D vs uHC et 184 gènes dans le groupe HRS vs LRS. Ces gènes sont majoritairement codants, bien que les ARN non codants (lncRNA) soient également présents, suggérant une régulation post-transcriptionnelle dans le DT1. L’enrichissement et l’analyse fonctionnel des de ces résultats a révélé une activation significative de voies liées à l’immunité, notamment l’activation des lymphocytes T CD4+/CD8+, la cytotoxicité médiée par les cellules NK, la signalisation via le récepteur TCR, et la voie de signalisation de l’insuline ainsi que des gènes clés tels que SOCS2, CBLB, AKT3 et les claudines jouant un rôle dans l’inflammation pour le groupe ROT1D vs uHC. Cependant chez le groupe HRS vs LRS, les gènes clés tels que les claudines (CLDN1, CLDN2) ont montré une balance entre une surexpression et sous-expression significative, indiquant des altérations importantes dans les processus inflammatoires et les jonctions cellulaires. L’analyse d'expression différentielle du groupe uHC vs HRS a permis d'identifier deux gènes clés dont la régulation est inversée le CHCHD5 et TRIT1 pointent vers une dysfonction mitochondriale potentiellement complexe et multifacette dans les monocytes des individus à haut risque de diabète de type I. Les réseaux d’interaction protéine-protéine ont mis en lumière des protéines centrales jouant un rôle crucial dans la modulation de la maladie, des interactions clés dans les voies immunitaires, métaboliques et de jonctions serrées, offrant de potentielles cibles thérapeutiques et biomarqueurs précoces. pourraient constituer des biomarqueurs précoces du DT1