Résumé:
La santé humaine et animale est interconnectée, car elles contribuent toutes à l'émergence et à la propagation de bactéries pathogènes ainsi qu'à la résistance aux antibiotiques. Escherichia coli est une bactérie commensale présente dans le tube digestif des humains et des animaux en bonne santé, mais elle peut également acquérir un pouvoir pathogène. L'objectif de cette thèse est de caractériser les souches d'Escherichia coli** pathogènes, notamment les souches entérohémorragiques (EHEC), isolées à partir de matières fécales de bovins asymptomatiques et d’échantillons d’enfants diarrhéiques, en mettant particulièrement l'accent sur les gènes de virulence et de résistance aux antibiotiques. Sur un total de 223 souches d’Escherichia coli d’origine bovine et 85 souches d’origine humaine, 39,9 % des souches bovines et 61,2 % des souches humaines présentaient une résistance à au moins un agent antimicrobien. Des taux de résistance élevés ont été observés pour les antibiotiques les plus utilisés en pratique vétérinaire et en santé publique. Cinq souches (2 bovines et 3 humaines) productrices de BLSE ont été identifiées. Le gène CTX-M-15 était présent dans 4 souches et le gène SHV-12 a été identifié dans une souche d’origine bovine. Parmi les souches résistantes au SXT, des intégrons de classe 1 et de classe 2 ont été détectés respectivement dans 82,9 % (29/35) et 12,9 % (1/35) des souches bovines et 87,5 % (21/24). 16,7% (4/24) des souches humaines. Aucune des souches d’E. coli étudiées n’appartient au pathotype EHEC typique, qu’elles aient été isolées de bovins ou d’humains. Cependant, 4 aEHEC (3 souches bovines et une souche humaine) ont été identifiés. La souche humaine appartenait au sérotype O55 : H12 et les souches bovines appartenaient au sérotype O113 : H21. Parmi les E. coli isolées dans cette étude, des STEC et des aEPEC ont été identifiés dans 2,24 % (n=5) et 4,5 % (n=10) des bovins respectivement, tous de sérotypes non-O157. Les gènes de virulence stx1 et stx2 étaient présents, associés aux autres gènes déterminants (fimH, hlyA, subAB, tia et cnf1). La recherche des ExPEC a révélé la présence de 13 souches UPEC (5 souches bovines et 8 souches humaines) portant une variété de gènes de virulence (FimH, hlya, cnf, ibeA, Pap et sfa, sat, vat, traT, kpsMTII). Ce résultat soulève la possibilité que certaines souches fécales puissent être des uropathogènes potentiels. Cette étude apporte un éclairage sur la dynamique populationnelle de l’Escherichia coli ainsi que le flux des gènes de résistance et de virulence, et l’interaction de cette bactérie dans les domaines humain et animal.
