Antagonisme bactérien sur des souches d'erwinia SPP. pectinolytiques agents de la pourriture molle de la pomme de terre

Abstract

Cette étude a été effectuée afin d’évaluer le pouvoir antibactérien d’isolats endophytes issus de cinq plantes spontanées, envers une collection de souches virulentes d’Erwinia carotovora pectinolytiques. Nous avons entrepris ce travail par une caractérisation plus raffinée des souches d’Erwinia carotovora pectinolytiques qui a permis d’identifier 9 souches appartenant à Erwinia carotovora subsp. carotovora, 2 souches appartenant à Erwinia chrysanthemi et une souche faisait partie de la sous-espèce Erwinia carotovora subsp. atroseptica. La réalisation du test d’hypersensibilité sur le tabac nous a permis d’écarter les isolats endophytes présentant un pouvoir pathogène. Une analyse biochimique discriminante des endophytes sélectionnés a révélée la présence de 11 isolats à Gram négatif et 10 isolats à Gram positif. L’identification moléculaire par amplification de la séquence d’ADNr du 16 S et son séquençage à l’aide du logiciel Blast, nous a permis de confirmer l’affiliation de treize isolats endophytes à trois genres majeurs; Bacillus spp., Pseudomonas spp., et Curtobacterium spp. Le pouvoir antagoniste in vitro a montré une forte activité antibactérienne des différents isolats endophytes avec des zones d’inhibition atteignant 45 mm, révélant ainsi la présence d’un groupe très actif. Le test d’antagonisme in vivo réalisé sur trois variétés de pomme de terre a permis de confirmer les résultats de l’activité antibactérienne in vitro. Afin de minimiser les pertes engendrées par les Erwinia carotovora pectinolytiques, la production de bioéthanol à partir de pommes de terre pourries semble tout à fait possible et le rendement a aussi été très encourageant. Les résultats obtenus montrent une production de 3,24 g d’éthanol par 100 g de pommes de terre pourries.