Identification génotypique de l’espèce Verticillium dahliae agent de la verticilliose de l’olivier en Algérie

Abstract

La verticilliose est l'une des maladies les plus graves de l'olivier, causée par un champignon connu sous le nom de Verticillium dahliae Kleb. Celui-ci a un impact sur le rendement et la qualité organoleptique des olives. La verticilliose se manifeste par un desséchement soudain d'un ou plusieurs rameaux ou de branches plus grosses. L’objectif de notre travail est l’isolement de l’agent pathogène qui cause la verticilliose chez les oliviers à partir d’échantillons infectés récoltés dans différentes régions de l’Algérie (Tipaza, Blida, Skikda, Bourdj Bou Arreridj). Après repiquage successif sur milieu PDA, l’isolat est purifié et ensuite identifié sur le plan microscopique et macroscopique. Nous avons également effectué une analyse bioinformatique pour traiter des données informatiques liées à un gène codant pour une protéine sérine/thréonine kinase qui joue un rôle dans la pathogénicité de l’espèce V. dahliae. Concernant l’isolement, les tentatives ont échoué, conduisant à l’isolement de d’autres espèces fongiques comme Alternaria spp. Cependant, l'étude bioinformatique qui s'est concentrée sur le gène VDAG_05856 codant pour une sérine/thréonine protéine kinase chez V. dahliae, un pathogène fongique affectant l'olivier. Les résultats ont montré que le gène est localisé sur le chromosome 4 et caractérisé comme ayant 3 exons, un ARNm de 2547 nucléotides, et codant pour une protéine de 848 acides aminés. L'analyse phylogénétique a révélé une proximité génétique entre V. dahliae et V. nonalfalfae, ainsi que des régions génomiques spécifiques à V. dahliae. La structure tridimensionnelle de la protéine a été prédite avec une haute confiance, montrant une similarité de 99,5 % avec une protéine de V. longisporum. Bien que sa localisation subcellulaire précise n'ait pas été déterminée, elle est probablement cytoplasmique avec une possible association aux membranes intracellulaires. Son rôle potentiel dans la pathogénicité, la morphogenèse et l'agressivité du champignon a été discuté